Mede naar aanleiding van de grote rivieroverstromingen in de winter van 1808 op 1809 werd bepaald dat de toenmalige Minister van Binnenlandse Zaken zich onder de titel van Minister van de Waterstaat uitsluitend met waterstaatszaken zou gaan bezighouden. Zo ging de voormalige tweede divisie van het Ministerie van Binnenlandse Zaken een nieuw ministerie vormen.

Bij het nieuwe Ministerie van de Waterstaat lijken in de praktijk twee divisies te hebben bestaan, de eerste divisie met een eerste bureau en de tweede divisie met een eerste bureau en een tweede bureau, zoals blijkt uit de indeling van de deelindices op de notulen.

De dienst van de Waterstaat bestond uit twee inspecteurs-generaal en twaalf districten met inspecteurs en landmeters en een algemene dienst met een inspecteur, een landmeter en een assistent-landmeter.

Volgens besluiten van de Lieutenant-Général van 22 december 1810 werd per 1 januari 1811 de secretaris-generaal opgedragen onder toezicht van de Directeur des Ponts et Chaussées het archief van het voormalige ministerie te inventariseren en de stukken voor de financiële liquidatie te verzamelen.

• Archief van het Ministerie van de Waterstaat, 1809-1810
• Archieven betreffende de Waterstaat 1798 - 1813
• Archieven van de inspecteurs van de Waterstaat, 1798-1849