De Secretaris van Staat voor de Binnenlandse Zaken werd aangesteld door de Raadpensionaris. Zijn algemene taak was de zorg voor en het toezicht op de algemene belangen van het Bataafse gemenebest. Hieronder vielen vele beleidsterreinen zoals de algemene politie ten aanzien van burgerlijke en kerkelijke zaken, de waterstaat, 's lands wegen, werken en gebouwen voor zoverre die niet onder een andere administratie vielen, de koophandel, de visserij, de fabrieken en trafieken, de landbouw, de geneeskundige staatsregeling, de bevordering van kunsten en wetenschappen, het openbaar onderwijs en alles dat de algemene welvaart kan bevorderen.

Voor zaken die een gezamenlijke voorziening behoefden, diende de Secretaris van Staat overleg te plegen met andere secretarissen of colleges die het zou aangaan en in het algemeen de goede onderlinge verstandhouding te bevorderen. De Secretaris van Staat zag toe op de uitvoering van wetten en verordeningen door de departementale besturen, op de goede harmonie tussen deze besturen onderling en op gelijke behandeling van alle kerkgenootschappen. De gewone politie in burgerlijke zaken omvatte algemeen toezicht en het voeren van vertrouwelijke correspondentie inzake belangrijke voorvallen. Tevens moest toezicht worden gehouden op de politie in de residentie. Tot de overige taken behoorde de bevordering van handel en zeevaart, in overleg met de verschillende colleges in de handelssteden, en behartiging van de economische belangen, door deze zoveel mogelijk te verenigen. De Secretaris van Staat kon in dit kader voordrachten doen, samen met de Secretaris van Staat tot de Financiën ook inzake landbouw en ontginning. In het kader van doorgaande verlichting en beschaving dienden kunsten en wetenschappen bevorderd en het openbaar onderwijs verbeterd te worden. De hogescholen moest de Secretaris van Staat steunen, al had hij geen inzage in hun financiën. Hij was bevoegd maatregelen te nemen indien een krant iets zou publiceren ten nadele van de algemene welvaart.

Bij Staatsbesluit van 1 mei 1805 no. 5 werd de directie van de waterstaat opgedragen aan de Secretaris van Staat voor de Binnenlandse Zaken, samen met vier andere leden van een commissie van superintendentie over de waterstaat.

Vanaf 3 mei 1805 tot juni 1806 was de Secretaris van Staat voor de Binnenlandse Zaken samen met de Secretaris van Staat voor de Financiën houder van het oppertoezicht over de nationale gebouwen in Den Haag.

De secretaris van de Secretaris van Staat werd aangesteld door de Raadpensionaris op drievoudige nominatie. Deze secretaris assisteerde bij besognes en conferenties, verzorgde de administratie, hield toezicht op het personeel en kon desgewenst inhoudelijk voorlichten en praeadvies uitbrengen. De overige employés werden aangesteld door de Secretaris van Staat zelf, binnen gestelde financiële kaders.

Bij het departement werden ook drie commissarissen aangesteld als inhoudelijk deskundige en toezichthouder. De commissaris tot de zaken der geneeskundige staatsregeling kon voorstellen doen tot verbetering van het medische onderwijs en de wetgeving inzake de geneeskunde. Hij mocht daartoe zelfstandig inlichtingen inwinnen bij alle medische colleges. Ook onderhield hij contacten met de departementale commissies van geneeskundig onderzoek en toevoorzicht en moest hij een plan voorleggen voor eenheid en goede samenwerking in het geneeskundige bestuur. Op basis van nieuwe binnen- en buitenlandse ontwikkelingen kon hij voorstellen doen over aanpassingen in de medische zorg, met name ook bij besmettelijke ziekte en epidemieën. Verder moest hij gasthuizen, gevangenissen, verbeterhuizen en andere openbare gestichten inspecteren en verbeteringen voorstellen. Nieuwe medicijnen diende de commissaris te laten beproeven. Eveneens behoorden contacten met en steun aan de maatschappij tot redding van drenkelingen en andere genootschappen tot de taken. Indien geboorte-, trouw en sterflijsten zouden worden ingevoerd, diende de commissaris te rapporteren op basis van de berekende resultaten. Tot de taken van de commissaris behoorde tevens de zorg voor de gezondheid van het vee. Bij al zijn werkzaamheden mocht hij geen plaatsen of gedeelten van de Republiek bevoordelen. Op verlangen van de Secretaris van Staat voor de Binnenlandse Zaken woonde de commissaris overleg met andere colleges of personen bij.

De commissaris tot de zaken der wis-, natuur-, schei- en werktuigkunde diende onder andere te adviseren inzake de voortgang van de wetenschap en nieuwe uitvindingen op basis van kennis van de ontwikkelingen in binnen- en buitenland. Een belangrijk punt zou de invoering van een nieuw stelsel van maten en gewichten zijn. De commissaris moest ook de overige hoge nationale ambtenaren en colleges desgevraagd ten dienste staan.

De commissaris tot de zaken van het lagere schoolwezen en onderwijs, aangesteld in 1806, hield toezicht over het gehele lagere onderwijs. Hij moest voorstellen tot verbetering doen en desgevraagd adviezen uitbrengen. Op last van de Secretaris van Staat diende de commissaris handleidingen voor onderwijzers te vervaardigen. Ook moest hij een algemene boekenlijst ten gebruike op de scholen opstellen en aanvullen. Met de Departementale Besturen, belast met het toezicht op het onderwijs, en met de commissies van onderwijs, hield de commissaris contact. Uit de hem door de schoolopzieners en door de commissies van onderwijs toegezonden rapporten diende hij belangrijke teksten te publiceren in de Bijdragen tot den staat en de verbetering van het schoolwezen, waarvoor hij verantwoordelijk was. Van de jaarlijkse vergaderingen van de afgevaardigden van de commissies van onderwijs maakte hij een verslag. In het algemeen diende hij de stiptste onpartijdigheid in acht te nemen. De instructie bevatte ten gerieve van de commissaris Van den Ende, die in Haarlem woonde, de bepaling dat de commissaris tot de zaken van het lagere schoolwezen niet verplicht kon worden zich in Den Haag te vestigen.

• Archief van de Secretaris van Staat voor de Binnenlandse Zaken
• Archief van het Departement van Binnenlandse Zaken, 1796-1813
• Archief van het Ministerie van Financiën [1806-1810]
• Collectie familie van Stralen 1427-1895.
• Departementsarchieven betreffende erediensten, periode 1805-1808