Ontevredenheid over de Raad van Oorlog leidde bij het Staatsbewind tot het besluit over te gaan op eenhoofdig gezag. De Secretaris van Staat Departement van Oorlog (vanaf 1803 ook al wel Ministerie van Oorlog) kreeg het bestuur over de landmacht en de fortificaties en kon voordrachten doen aan het Staatsbewind, met toestemming van de voorzitter ook mondeling ter vergadering van het Staatsbewind, waar hij vrije toegang had. Ingekomen stukken die niet tot de zuivere administratie behoorden, diende hij aan het Staatsbewind voor te leggen, en desgevraagd van preadvies te voorzien. De eerste secretaris van het departement werd direct door het Staatsbewind aangesteld. Voor de aanstelling van een opvolger zou de Secretaris van Staat te zijner tijd een voordracht van drie personen moeten doen. De overige werknemers werden op voordracht door het Staatsbewind aangesteld.

Er was geen onderverdeling in departementen of bureaus aan het departement van Oorlog als zodanig. Er werkten eerste commiezen, commiezen en klerken. Daarnaast hield militair personeel zich bezig met de cartografie en de militaire correspondentie.

Op 18 juli 1803 besloot het Staatsbewind na pensionering van de directeur-generaal van de fortificatiën een bureau voor de genie aan het departement toe te voegen. Tevens werd een afzonderlijke directeur van de militaire archieven, plans en kaarten aangesteld.

Het bureau van betaling van de nationale armee werd op 26 oktober 1804 ontbonden en per 1 januari 1805 vervangen door een ander bureau van betaling. Ook bleef het departement van burgerwapening functioneren in afwachting van een nieuwe regeling, waarbij in 1805 de burgerwapening overging naar het departement van Binnenlandse Zaken.

Ook het Commissariaat voor de Franse troepen in de soldij van de Bataafse Republiek functioneerde onder de verantwoordelijkheid van de Secretaris van Staat. In 1803 is het gereorganiseerd, omdat de Bataafse Republiek op 1 november opnieuw werd verplicht 18.000 man Franse troepen te onderhouden. Er kwam een eerste commissaris met een generaal bureau, een commissaris met een departement van soldijen, revuen en kleding en een commissaris met een departement van subsistentiën, kazernering en kampering.

• Archief van de Commissaris-liquidateur van de pretensiën van gepreste schippers 1800-1812
• Archief van de Eerste commissaris voor de Franse troepen in dienst van de Bataafse Republiek
• Archief van het Ministerie van Oorlog 1798-1810 (1813), periode 1800 tot 1810.
• Klapper en inventaris van de stamboeken, naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van officieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement A-E
• Klapper en inventaris van de stamboeken, naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van officieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement F-K
• Klapper en inventaris van de stamboeken, naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van officieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement L-Q
• Klapper en inventaris van de stamboeken, naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van offiieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement R-Z
• Klapper en inventaris van de stamboeken,naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van officieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement. Aanvulling en errata
• Klapper op de overlijdensacten van Nederlandse soldaten in Franse krijgsdienst 1792-1815
• Klapper op de Pensioenregisters van militairen van de landmacht, weduwen en wezen 1795-1810
• Klapper op de stamboeken van offiieren, onderofficieren en minderen der landmacht, 1795-1813 A-G
• Klapper op de stamboeken van offiieren, onderofficieren en minderen der landmacht, 1795-1813 H-O
• Klapper op de stamboeken van offiieren, onderofficieren en minderen der landmacht, 1795-1813 P-Z
• offiieren van de Franse, Bataafse en koninklijke armée 1793-1813
• Stamboeken, naamlijsten, conduitestaten en pensioenstaten van officieren en minderen van de landmacht 1795-1813