Bij het tractaat van Den Haag van 16 mei 1795 had de Bataafse Republiek op zich genomen 25.000 man Franse troepen te onderhouden. Aanvankelijk hielden zich met de uitvoering twee comités bezig. Het ene, van de provincie Holland, het comité der vivres, werd op 25 juli 1795 tot generaliteitscomité verklaard, naast het tweede, het comité tot bezorging der behoeften en noodwendigheden van de Franse troepen. Op 9 oktober 1795 hadden de Staten-Generaal vervolgens het comité tot betaling van de Franse troepen in soldij van de Bataafse Republiek opgericht. Hiervan was het Commissariaat weer de opvolger. Op 29 augustus 1801 werd het aantal Franse militaire teruggebracht tot 10.000 man, te onderhouden totdat vrede was gesloten met Engeland. Bij de vrede van Amiens van maart 1802 bleven de troepen echter en toen opnieuw vijandelijkheden uitbraken werd hun aantal op 25 juni 1803 bij verdrag vermeerderd tot 18.000.

Tot augustus 1801 had het Commissariaat een eerste commissaris en vier commissarissen die elk een departement bestierden, namelijk 1) generaal bureau; 2) departement militair; 3) departement van administratie; 4) departement van financiën. Tot het Commissariaat behoorden verder een secretaris, een ontvanger, een commissaris tot de revuen (voor monstering van troepen) en een magazijnmeester.

• Archief van de Eerste commissaris voor de Franse troepen in dienst van de Bataafse Republiek
• Archief van het Ministerie van Oorlog 1798-1810 (1813), periode 1800 tot 1810.