De Secretaris van Staat voor de zaken van Oorlog (ook wel: Secretaris van Staat Departement van Oorlog) correspondeerde met de bevelhebbers, de corpsen en de lagere officieren van het leger en zorgde dat de krijgsmacht te lande op de door de Raadpensionaris bepaalde sterkte bleef. Van vacatures in het leger en op zijn departement gaf hij kennis aan de Raadpensionaris, met opgave van de personen die daarvoor in aanmerking komen. Verder zag de Secretaris van Staat toe op de betaling en de bevoorrading van het leger, op de geneeskundige zorg, op de handhaving van de discipline en op het verplaatsen van legeronderdelen. Bovendien zorgde hij voor de fortificaties en voor alle militaire gebouwen en hield hij toezicht op de voorraden, de geschutgieterij en de geweerfabriek.

Aan de Raadpensionaris rapporteerde de Secretaris van Staat over de gehele defensie te lande. Hij kon voorstellen tot vermeerdering, vermindering of verbetering doen. Plannen voor verdediging en voor veldtochten, alsmede instructies voor bevelhebbers en andere verbonden personen, werden door de Secretaris van Staat ontworpen en ter goedkeuring aangeboden aan de Raadpensionaris. Daartoe diende hij ook kaarten, plans en tekeningen te laten vervaardigen en bewaren.

De Secretaris van Staat voor de zaken van Oorlog werd aangesteld door de Raadpensionaris. De secretaris van het Departement werd aangesteld door de Raadpensionaris op drievoudige nominatie door de Secretaris van Staat. De overige employés kon de Secretaris van Staat binnen de gestelde financiële kaders aanstellen na approbatie door de Raadpensionaris. Ten opzichte van de voorgaande periode veranderde er weinig in de organisatie van het departement van oorlog. Er bestond geen onderverdeling in departementen, divisies of bureaus. Wel was er een afzonderlijk bureau van de genie. Daarnaast kwam op 25 juni 1805 het geneeskundige bestuur der armee tot stand als voortzetting van bureau van gezondheid en hospitalen. Ook het commissariaat voor de Franse Troepen bleef functioneren onder verantwoordelijkheid van de Secretaris van Staat.

• Archief van de Commissaris-liquidateur van de pretensiën van gepreste schippers 1800-1812
• Archief van de Eerste commissaris voor de Franse troepen in dienst van de Bataafse Republiek
• Archief van het Ministerie van Oorlog 1798-1810 (1813), periode 1800 tot 1810.
• Klapper en inventaris van de stamboeken, naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van officieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement A-E
• Klapper en inventaris van de stamboeken, naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van officieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement F-K
• Klapper en inventaris van de stamboeken, naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van officieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement L-Q
• Klapper en inventaris van de stamboeken, naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van offiieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement R-Z
• Klapper en inventaris van de stamboeken,naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van officieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement. Aanvulling en errata
• Klapper op de overlijdensacten van Nederlandse soldaten in Franse krijgsdienst 1792-1815
• Klapper op de Pensioenregisters van militairen van de landmacht, weduwen en wezen 1795-1810
• Klapper op de stamboeken van offiieren, onderofficieren en minderen der landmacht, 1795-1813 A-G
• Klapper op de stamboeken van offiieren, onderofficieren en minderen der landmacht, 1795-1813 H-O
• Klapper op de stamboeken van offiieren, onderofficieren en minderen der landmacht, 1795-1813 P-Z
• offiieren van de Franse, Bataafse en koninklijke armée 1793-1813
• Stamboeken, naamlijsten, conduitestaten en pensioenstaten van officieren en minderen van de landmacht 1795-1813