Tot de taken van het Ministerie van Oorlog behoorden het bestuur en het beheer van de Nederlandse landmacht en de betaling van de Franse troepen.

De organisatie van het Ministerie van Oorlog is in een onoverzichtelijk proces tot stand gekomen, omdat telkens wijzigingen werden doorgevoerd. Daarom worden hier eerst enkele ontwikkelingen beschreven, waarna dwarsdoorsneden van de organisatie op enkele tijdstippen volgen.

Een eerste stap naar samenvoeging van afzonderlijke administraties is gezet bij Koninklijk decreet van 18 juli 1806, dat onder andere voorzag in één administratie van oorlog. Het Commissariaat voor de Franse troepen en het bureau van betaling van de Hollandse armée werden per 31 juli opgeheven. De feitelijke opheffing van het Commissariaat kreeg overigens pas zijn beslag bij de definitieve organisatie van het ministerie in juni 1807. Intussen is op 29 juli 1806 het Directoraat-Generaal van Oorlog omgezet in een Ministerie van Oorlog.

Bij langdurige afwezigheid van de Koning en onduidelijkheid over de uiteindelijke bezetting van de ministerspost van Oorlog, is de reorganisatie traag tot stand gekomen. Wel werd al bij Koninklijk decreet van 18 juli 1806 een Depot Generaal van Oorlog opgericht, waarvan de organisatie is vastgesteld bij Koninklijk decreet van 1 maart 1807 (zie afzonderlijke beschrijving).

Bij besluit van 6 oktober 1806 no. 178 regelde de minister de voet en werkwijze van het Ministerie van Oorlog. Op 15 december 1806 benoemde de Koning een Directeur van de Administratie van Oorlog, die werd belast met de recrutering, de administratie, de revuen en de comptabiliteit van de landmacht. Kort daarna, op 26 december 1807 kregen de verenigde korpsen van de artillerie en de genie een Centraal Comité van het Verenigde korps der Artillerie en Genie. De vijf leden waren een eerste inspecteur-generaal, twee inspecteurs-generaal en twee kolonels. Het comité vergaderde eenmaal per jaar. In klein comité kon de president zo vaak vergaderen als nodig was, maar wel met toestemming van de Minister van Oorlog. Het Centraal Comité hield zich bezig met zaken die door de Koning werden voorgelegd en met reglementen en begrotingen betreffende de beide wapens. De begroting werd opgesteld op mondelinge instructie van de Minister van Oorlog en de orders van de Koning.

Vermoedelijk geeft de Koninklijke Almanak van 1807 het beste beeld van het functioneren van het ministerie voordat in juni 1807 de definitieve organisatie plaatsvond. Hier is de weergave als volgt:
1) secretaris-generaal met a) eerste bureau registratie van ingekomen stukken, renvoyen en uitgifte van afschriften, b) tweede bureau expeditie van stukken en ontvangst van het klein-zegel, c) derde bureau beheer van het archief en indicering en d) vierde bureau consenten om ordonnanties van betaling te verkrijgen, toezicht op toegestane sommen en kredieten, comptabiliteit en de verdeling van fondsen; 2) eerste divisie oprichting, organisatie en inspectie van de legeronderdelen, personeelsbeleid, verplaatsing van troepen, traktementen en pensioenen met a) eerste bureau militaire operaties, militaire scholen, situatielijsten, recrutering, benoemingen, rangen en beloningen, beoordeling van bezwaren inzake pensioenen en traktementen van reforme, brevetten en militaire justitie, b) tweede bureau monstering, administratie van de corpsen en de recrutering, soldijen, equipage, betaling van pensioenen, gratificaties en kosten; 3) tweede divisie benoemingen en promoties, inspectie van artillerie en genie, geschut, wapens, kruit en munitie, fortificaties, magazijnen en arsenalen, militaire gebouwen, verpachtingen met a) eerste bureau artillerie en b) tweede bureau genie; 4) derde divisie vivres, fourage, kasernering, transport, kleding, hospitalen, fournituren, onderhoud van krijgsgevangenen, beheer van gebouw en meubilering van het ministerie met a) eerste bureau vivres, fourage en brandstoffen, transporten, troepen op mars, b) tweede bureau casernering, kampementen, hospitalen, krijgsgevangenen, logies en c) derde bureau kleding, equipage en bewapening; 5) depôt generaal van oorlog voor het verzamelen van beschrijvingen, plannen en kaarten inzake oorlog, marine en koloniën, cartering, uitgave van een kaart van het Koninkrijk (zie afzonderlijke beschrijving).

In den lande bestond de organisatie verder uit: 6) algemeen bestuur van de magazijnen van oorlog met inspecteurs van de magazijnen en in den lande vele commiezen in de stapel- en constructiemagazijnen (Delft en Dordrecht), de hoofd- en depotmagazijnen, de grof-geschutgieterij in Den Haag en de geweerfabriek te Culemborg; 7) geneeskundige dienst met het geneeskundig bestuur der armée, het groot militair hospitaal te Leiden en de officieren van gezondheid van de eerste en de tweede klasse.

De definitieve organisatie van het Ministerie van Oorlog werd vastgesteld bij koninklijk decreet van 26 juni 1807: 1) generaal secretariaat met a) eerste bureau registratie van ingekomen stukken, renvoy naar de divisies, expeditie van antwoorden, recht van kleinzegel, afschriften, certificaten; b) tweede bureau sorteren en bewaren van niet meer voor het lopende werk benodigde papieren; de zakelijke index van de archieven; c) derde bureau examinatie en revisie van liquidaties van de administratieve bureaus, toezicht op gebruik van de toegestane sommen, het doen van rekening, aanvragen en verdelen van fondsen, inspectie van de comptabiliteit; d) vierde bureau registratie en expeditie van ordonnanties; e) vijfde bureau rekesten van gratie, rapportage van de advocaten-fiscaals en de fiscaals van de divisies, personele zaken van concierges en cipiers; aanvragen om korting op de traktementen; f) zesde bureau liquidatie van de achterstallen van opgeheven administraties en corpsen (op 17 december 1807 werd de samenstelling van het derde bureau van het algemene secretariaat gewijzigd); 2) eerste divisie militaire operaties en mouvementen met a) eerste bureau militaire operaties en bewegingen, correspondentie met generaals, militaire scholen, recrutering; b) tweede bureau organisatie en inspectie van de corpsen, benoemingen, rangen, beloningen, pensioenen, traktementen van reforme en brevetten; 3) tweede divisie militaire administratie met a) eerste bureau monsteringen, controles, inwendige administratie van de corpsen en recrutering, toezicht op de commissarissen van oorlog; b) tweede bureau soldijen, equipementgelden, pensioenen, reforme, gratificaties, bureau- en reiskosten; 4) derde divisie militaire intendance en onderhoud der armée met a) eerste bureau vivres, fourage en brandstof, militaire convooien en transporten, troepen op mars; b) tweede bureau casernering, kampement; c) derde bureau kleding, equipement, harnachement en remonte, d) vierde bureau hospitalen, krijgsgevangenen, galeiboeven, logies- en sluitgelden; 5) de vierde divisie artillerie en genie bestond sedert 17 juni 1808 en was samengesteld uit de eerder afzonderlijk georganiseerde bureaus artillerie, genie en het depot generaal van oorlog. Deze divisie bestond sindsdien uit 1) eerste bureau verenigd wapen, personeel, onderwijs, toezicht op geschutgieterij, geweerfabriek en arsenalen, artillerie, wapens, paarden en equipage, comptabiliteit voor het materieel van de artillerie en 2) tweede bureau fortificaties, linies, kasernes, kruitmagazijnen, comptabiliteit van het materieel van de genie en 3) depot generaal van oorlog.

Ten slotte werden bij koninklijk decreet van 17 oktober 1809 de eerste en de tweede divisie met elkaar verenigd tot een divisie, de eerste divisie. De vierde divisie werd vervolgens in dit nieuwe schema de tweede divisie: 1) generaal secretariaat (zonder het tijdelijke zesde bureau; 2) eerste divisie militaire operaties en administratie; 3) tweede divisie artillerie en genie; 4) derde divisie militaire intendance en onderhoud der armee.

Volgens besluiten van de lieutenant-général de Hollande van 22 december 1810 werd per 1 januari 1811 de secretaris-generaal opgedragen onder toezicht van de Intendant de l' Intérieur het archief van het voormalige ministerie te inventariseren en de stukken voor de financiële liquidatie te verzamelen.

• Archief van de Commissaris-liquidateur van de pretensiën van gepreste schippers 1800-1812
• Archief van de Commission Centrale de la Liquidation des Dépenses de la Guerre en Hollande, 1812-1813
• Archief van de Directeur van de landelijke telegrafische beseiningen 1809-1810
• Archief van de familie Krayenhoff, 1730 (1746-1984)
• Archief van het Centraal Comité der artillerie en genie 1808-1809
• Archief van het Depot-Generaal van Oorlog 1806-1811
• Archief van het Ministerie van Oorlog 1798-1810 (1813) periode 1798 tot 1800
• Archief van het Ministerie van Oorlog 1798-1810 (1813), archieven van individuele officieren van het leger
• Archief van het Ministerie van Oorlog 1798-1810 (1813), periode 1800 tot 1810.
• Archief van het Ministerie van Oorlog 1798-1810 (1813), periode 1811-1813
• Klapper en inventaris van de stamboeken, naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van officieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement A-E
• Klapper en inventaris van de stamboeken, naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van officieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement F-K
• Klapper en inventaris van de stamboeken, naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van officieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement L-Q
• Klapper en inventaris van de stamboeken, naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van offiieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement R-Z
• Klapper en inventaris van de stamboeken,naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van officieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement. Aanvulling en errata
• Klapper op de overlijdensacten van Nederlandse soldaten in Franse krijgsdienst 1792-1815
• Klapper op de Pensioenregisters van militairen van de landmacht, weduwen en wezen 1795-1810
• Klapper op de stamboeken van offiieren, onderofficieren en minderen der landmacht, 1795-1813 A-G
• Klapper op de stamboeken van offiieren, onderofficieren en minderen der landmacht, 1795-1813 H-O
• Klapper op de stamboeken van offiieren, onderofficieren en minderen der landmacht, 1795-1813 P-Z
• offiieren van de Franse, Bataafse en koninklijke armée 1793-1813
• Stamboeken, naamlijsten, conduitestaten en pensioenstaten van officieren en minderen van de landmacht 1795-1813