De Raad van Binnenlandse Zaken werd bij de instructie van 1802 belast met de advisering inzake het oppertoezicht over de politie van de Republiek, de residentie in het bijzonder, alsmede inzake de waterstaat, de bevordering van kunsten, wetenschappen, opvoeding, koophandel, visserij, landbouw, fabrieken en trafieken en andere onderwerpen die het Staatsbewind als binnenlandse zaken zou beschouwen. Bovendien kreeg de Raad alle uitvoerende taken op het genoemde gebied. Ten aanzien van de universiteiten, kunsten en wetenschappen, de Latijnse scholen, de lagere scholen, de geneeskunde, de bestrijding van besmettelijke ziekten werden nieuwe voorstellen verwacht. Ook diende de Raad de staatseconomie te bevorderen, mede door herstel van handel en visserij, verbetering van de landbouw in het hele land, hogere bloei van de nijverheid, het tegengaan van werkeloosheid en het volgen van nieuwe uitvindingen.

Op 31 augustus 1802, toen het Agentschap van Inwendige Politie en Waterstaat werd opgeheven, gingen de werkzaamheden over op de Raad van Binnenlandse Zaken. Op 3 oktober 1803 werd de Raad van Binnenlandse Zaken echter weer ontslagen van het beheer van de waterstaat, met uitzondering van de droogmakerijen in Mijdrecht en Nieuwkoop en van de Hollandse Straatweg. Personeel en archieven inzake de waterstaat gingen over naar de algemene secretarie van het Staatsbewind, die twee opvolgers in dezen, de Commissies van Superintendentie over de Rivieren en Zeehavens administratief moest gaan bijstaan.

De Raad voor de Binnenlandse Zaken telde drie leden, aangesteld door het Staatsbewind, waaraan de Raad verantwoording schuldig was. Besluiten werden genomen bij meerderheid van stemmen. De Raad bepaalde op 8 januari 1802 no. 19 dat het voorzitterschap iedere maand bij toerbeurt door een van de leden zou worden waargenomen. De secretaris had volgens zijn instructie de taak desgevraagd advies uit te brengen, maar had ook de vrijheid zelf voorstellen aan de Raad te doen.

De secretaris werd op nominatie aangesteld door het Staatsbewind. De overige geëmployeerden mocht de Raad zelf aanstellen en ontslaan. Op 14 maart 1803 besloot het Staatsbewind een kleinere organisatie op te zetten dan de Raad van Binnenlandse Zaken tevoren had voorgesteld, omdat enkele taken van de Raad werden overgenomen door de beide commissies van Superintendentie van de Waterstaat en door de departementale en plaatselijke besturen, zoals bijvoorbeeld onderwijs en toezicht op de geneeskunde.
Tot deze kleinere organisatie behoorden: a) de secretaris; b) een commissaris tot de zaken van de landbouw (te mortificeren na het overlijden of afstand door de toenmalige bezetter van die post); c) twee commiezen en een klerk-notularis voor de behandeling van de agenda, de commissoriale adviezen en de expeditielijsten; d) een klerk-indexmaker, tevens belast met het ordonnantie- en belastingregister; e) een geheimklerk en en charterklerk; f) zes ordinaris klerken.

Wat betreft de waterstaat bleef het Bureau van de Waterstaat evenals de commissarissen-Inspecteurs na de opheffing van het Agentschap van Inwendige Politie en Waterstaat voorlopig doorwerken, totdat in 1803 de beide commissies van Superintendentie werden opgericht.

• Archief van de Raad van Binnenlandse Zaken
• Archief van de Raad van Binnenlandse Zaken, bureau van de Waterstaat
• Archief van de Rekestmeester, belast met de dienst van bruggen en wegen in de Hollandse Departementen, 1811-1813
• Archief van het Departement van Binnenlandse Zaken, 1796-1813
• Archieven betreffende de Waterstaat 1798 - 1813