In de omvangrijke serie AF bevinden zich de archieven van de opeenvolgende staatssecretarieën. Van direct belang voor Nederland is de serie AF IV Secrétairerie d' État Impériale (1799-1815), die afzonderlijk is beschreven. In deze serie bevindt zich ook het door keizer Napoleon geconfiskeerde archief van Lodewijk Napoleon, dat eveneens afzonderlijk is beschreven.