Tot de werkzaamheden van de Commissie van Superintendentie van Zeehavens en Zeegaten behoorde1) het toezicht over alle werken die uit de nationale kas werden betaald, 2) toezicht en bestuur inzake de afvoer van winterwater en handhaving van de bevaarbaarheid, 3) beoordeling van voorstellen tot werken die de Departementale besturen of andere colleges aan het Staatsbewind voorlegden; 4) advies inzake steun ten tijde van rampen; 5) toezicht op de besteding van dergelijke gelden.

Voorzitter van de Commissie was een lid van het Staatsbewind. De overige leden waren een lid uit de Raad van Marine, naast een aantal door de Departementale besturen te benoemen afgevaardigden, een of twee uit Holland, een of twee uit Zeeland, een of twee uit Friesland, een of twee uit Groningen. De leden fungeerden op eigen titel, zonder instructie of ruggespraak. De vergaderingen vonden plaats in april en in september, met daarnaast eventuele buitengewone vergaderingen. De volgorde van de stemming werd bepaald door op de eerste vergadering te trekken nummers, waarbij de eerste stemmer van de ene vergadering op de volgende weer geheel achteraan kwam. De president kon, indien hij dat wenste, preadvies uitbrengen op de agendapunten.

De algemene secretaris of de griffier van de secretarie van het Staatsbewind verleenden assistentie. De uitvoering kwam onder verantwoordelijkheid van een directeur-generaal van de rivier- en zeewerken. Voor de vier districten waarin zeehavens werden verdeeld, namelijk 1) Zuid-Holland, 2) Noord-Holland, 3) domeinen van Nassau, Brabant en Zeeland en 4) Groningen, Schokland, Friesland en Overijssel, werden vier inspecteurs van de zeehavens aangesteld.

• Archief van de Commissie van Superintendentie van Zeehavens en Zeegaten, 1803-1805
• Archief van de Rekestmeester, belast met de dienst van bruggen en wegen in de Hollandse Departementen, 1811-1813
• Archieven betreffende de Waterstaat 1798 - 1813
• Archieven van de inspecteurs van de Waterstaat, 1798-1849