De Agent van Oorlog hield toezicht op de oorlogvoering en de verdediging te lande, op het leger, de fortificaties en de magazijnen. Andere taken waren de correspondentie met de commandanten, het op peil houden van de sterkte en de voorraden van het leger en het jaarlijks indienen van een staat van beide laatste gegevens. De agent zorgde voor de betaling van de krijgsmacht en de handhaving van de discipline. Op machtiging van het Uitvoerend Bewind gaf hij marsorders. De agent mocht het leger te allen tijde laten inspecteren. Ook de gewapende burgermacht viel als onderdeel van de armée onder zijn opzicht. De agent voerde de superintendentie over de administratie van de Franse troepen in soldij van de Republiek. In het kader van het toezicht op de fortificaties en militaire gebouwen, mocht hij alleen aanbestedingen doen die waren goedgekeurd door het Uitvoerend Bewind. Van de agent werd voorts jaarlijks onder andere een rapport verwacht inzake de hele staat van de defensie, vergezeld van voorstellen tot vermeerdering of vermindering. Ook moest hij jaarlijks een petitie of begroting van kosten indienen. De agent deed de uitbetalingen die buiten de vaste posten vielen in maandelijks overleg met de Agent van Financiën. Verder beheerde hij zijn departement met het archief.

De agent werd aangesteld door het Uitvoerend Bewind en legde daaraan verantwoording af. Zijn instructie ontving hij van het Vertegenwoordigend Lichaam. Het was de agenten verboden gezamenlijk een raad te vormen.

Vanaf het begin behoorde tot de organisatie een vaste secretaris, die evenals het personeel van de bureaus functioneerde op instructie en onder goedkeuring van het Uitvoerend Bewind.
In februari 1798 was deze organisatie voorlopig als volgt: 1) generaal bureau, 2) departement militair, 3) departement van administratie, 4) departement van financie. Tevens stonden onder toezicht van de agent a) de administratie van de Franse troepen, b) het bureau van gezondheid en c) het bureau van betaling van de nationale armee. In april 1798 kwam daarbij ook nog het departement van burgerwapening. Op 2 juli 1798 werd de definitieve organisatie van het agentschap vastgesteld: 1) departement van de generale secretarie, 2) departement van de militaire administratie, 3) departement van financiën en voorlopig 4) departement van burgerwapening.
Het al door het Comité tot de Algemene Zaken van het Bondgenootschap te Lande opgerichte bureau van liquidatie van de oude armée heeft onder verantwoordelijkheid van de Agent van Oorlog de werkzaamheden voortgezet tot de opheffing op 31 augustus 1801. Op 21 februari 1798 werd het commissariaat van de Franse troepen onderdeel van het agentschap. Het bleef zelf georganiseerd in vier departementen met elk een commissaris.

• Archief van de Commissaris-liquidateur van de pretensiën van gepreste schippers 1800-1812
• Archief van de Eerste commissaris voor de Franse troepen in dienst van de Bataafse Republiek
• Archief van het Ministerie van Oorlog 1798-1810 (1813) periode 1798 tot 1800
• Archief van het Ministerie van Oorlog 1798-1810 (1813), archieven van individuele officieren van het leger
• Archief van het Ministerie van Oorlog 1798-1810 (1813), periode 1800 tot 1810.
• Klapper en inventaris van de stamboeken, naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van officieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement A-E
• Klapper en inventaris van de stamboeken, naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van officieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement F-K
• Klapper en inventaris van de stamboeken, naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van officieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement L-Q
• Klapper en inventaris van de stamboeken, naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van offiieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement R-Z
• Klapper en inventaris van de stamboeken,naamlijsten, conduite- en pensioenstaten van officieren, onderofficieren en minderen der Landmacht 1795-1813, Supplement. Aanvulling en errata
• Klapper op de overlijdensacten van Nederlandse soldaten in Franse krijgsdienst 1792-1815
• Klapper op de Pensioenregisters van militairen van de landmacht, weduwen en wezen 1795-1810
• Klapper op de stamboeken van offiieren, onderofficieren en minderen der landmacht, 1795-1813 A-G
• Klapper op de stamboeken van offiieren, onderofficieren en minderen der landmacht, 1795-1813 H-O
• Klapper op de stamboeken van offiieren, onderofficieren en minderen der landmacht, 1795-1813 P-Z
• offiieren van de Franse, Bataafse en koninklijke armée 1793-1813
• Stamboeken, naamlijsten, conduitestaten en pensioenstaten van officieren en minderen van de landmacht 1795-1813