De Agent van Marine hield volgens zijn instructie het algemene toezicht op de oorlog en de verdediging te water. Dit toezicht strekte zich uit tot zowel de scheepsuitrustingen als het onderhoud van werven en magazijnen. Hji correspondeerde met de commandanten en met de civiele en militaire ambtenaren. Bij zijn jaarlijkse petitie moest hij een overzicht geven van de staat van de vloot en van de voorraden. Daarnaast ontving het Uitvoerend Bewind een maandelijks rapport over de inzet van de vloot en het werk op de werven. Aanstelling en personeelsbeleid van het vaste corps van de marine behoefden de goedkeuring van het Uitvoerend Bewind. De agent zorgde voor de geregelde betaling en bevoorrading van de zeemacht. Ook de monstering en de disciplinering stonden onder zijn toezicht. De agent was bevoegd orders te geven voor het uitlopen van schepen, maar alleen op last van het Uitvoerend Bewind, tenzij het ging om kleine vaartuigen voor kustbewaking en verkenning. Van de agent verwachtte het Uitvoerend Bewind voorstellen inzake de verdediging van de koloniën en de bescherming van de koopvaardij. Hij diende de vrije doorgang van de neutrale vaart te waarborgen, evenals het respect voor de vlag van de Republiek. Aankopen en aanbestedingen dienden volgens de wetten plaats te vinden. De agent mocht niet zelf deelnamen aan kaapvaart of leveranties doen aan het land. Uitbetalingen kon hij alleen doen volgens de goedgekeurde petitie. Over het tijdstip van betalen moest overleg worden gevoerd met de Agent van Financiën. Bij het Uitvoerend Bewind doende de agent ieder jaar een summiere opgave van de betalingen in. Verder droeg de agent zorg voor het beheer van zijn departement met het archief. Indien hem ter kennis zou komen dat een aanslag op de veiligheid werd voorbereid, zou hij het Uitvoerend Bewind onmiddellijk op de hoogte moeten stellen.

De Agent van Marine werd aangesteld door het Uitvoerend Bewind en legde daaraan verantwoording af. Zijn instructie ontving hij van het Vertegenwoordigend Lichaam. Het was de agenten verboden gezamenlijk een raad te vormen.

Bij het agentschap behoorde vanaf het begin een vaste secretaris, die evenals het overige personeel van de bureaus functioneerde op instructie en onder goedkeuring van het Uitvoerend Bewind. Verder werkten er een aantal commiezen en klerken. In juli 1799 werd vastgesteld dat het agentschap een departement van equipage en een departement van financiën zou hebben, elk met een commies-directeur. Daarnaast waren er een charterkamer en de comptabiliteit van de hoofdelijke betaling. Pas in juli 1800 werd de benoeming van personen geapprobeerd.

Na de benoeming van agent Spoors tot lid van het Staatsbewind werden op 17 oktober 1801 commissarissen-directeurs bij het Agentschap van Marine gemachtigd de lopende zaken waar te nemen.

• Archieven van het Departement van Marine 1795-1813
• Inventaris van de scheepssoldijrollen (en enige andere registers betreffende de schepen en hun bemanningen) van Marineinstanties over de periode 1795-1813
• Klapper op de verzameling stamboeken marineofficieren en minderen 1795-1813 afkomstig uit het archief van het Ministerie van Marine