In een decreet van 25 juni 1806 stelde de Koning dat door de verdeling van het bestuur van de koloniën over twee Raden de eenheid van beleid ontbrak. Hij verving ze door een Directoraat-Generaal voor de Zaken der Indiën en van de Koophandel. De directeur-generaal volgde in rang onmiddellijk op de ministers, en had zelf de rang van minister. Bij decreet van 6 juli 1806 werd bepaald dat de Raad voor de Aziatische Bezittingen en Etablissementen en de Raad voor de Amerikaanse Bezittingen en Etablissementen nog zouden blijven functioneren met en onder bevel van de directeur-generaal totdat een nieuwe organisatie tot stand was gekomen.

Bij de voorlopige instructie werd het gehele beleid inzake de koloniën aan de directeur-generaal opgedragen. De benoemingen die tot dan toe in Nederland werden gedaan, diende de directeur-generaal voor te bereiden door de voordracht van een of meer personen, waaraan de Koning bij de benoeming overigens niet gebonden was. Voorlopige benoemingen in de koloniën van enig gewicht moesten door de directeur-generaal aan de Koning worden voorgelegd om diens welnemen te horen. Alle correspondentie met de koloniën verliep via de directeur-generaal. Zaken van aanbelang echter diende hij ter beslissing aan de Koning voor te leggen.

Bij voorlopige instructie van 12 juli 1806 werd eveneens bepaald dat de directeur-generaal zou worden bijgestaan door een kamer van koophandel met drie leden te Amsterdam voor Oost-Indië en een kamer van rekening te Den Haag voor West-Indië. Deze kamers waren onder verantwoordelijkheid van de directeur-generaal belast met het financiële beleid, de koophandel en de verkoop van waren.

In Oost-Indië had Holland Kaap de Goede Hoop en Ceylon reeds verloren. In 1806 waren wel onder andere Java, Madoera, de buitengewesten, Kanton en Deshima in Nederlands bezit. In West-Indië behoorden de Benedenwindse Eilanden en de kust van Guinée nog tot het Koninkrijk. Suriname was in 1804 door de Engelsen veroverd en de Bovenwindse eilanden vielen ten prooi aan Fransen, Spanjaarden en Engelsen.

• Archief van het Ministerie van Koloniën, 1795-1813