De Agent van Inwendige Politie en Waterstaat was verantwoordelijk voor het binnenlands bestuur en vanaf 27 maart 1798, conform de constitutie van 1798, eveneens voor de landelijke waterstaat. Dit zware en gevarieerde pakket leidde tot een uitvoerige instructie.

Van de agent werden volgens zijn instructie voorstellen ingewacht inzake de verbetering van de politie, de waterstaat en de wegen. Tot zijn taken behoorde het beheer van zijn departement met het archief. Voor ambtgenoten belangrijke berichten die hij ontving, diende hij aan hen door te geven. De agent moest waken tegen alle pogingen de vrijheid en de binnenlandse rust te ondermijnen. Daartoe diende hij onafgebroken correspondentie te houden met alle politieke machten binnen de Republiek. Ook mocht hij bijzondere personen inzetten, maar uitsluitend onder maandelijkse goedkeuring van het Uitvoerend Bewind. Alle facties en kabalen moesten worden tegengegaan. In voorkomende gevallen kon de agent een beroep doen op zijn collega van Oorlog om hulp. Ook in dat geval was echter de goedkeuring van het Uitvoerend Bewind vereist. Alle verstoringen van rust en veiligheid moesten worden gemeld aan de Agent van Justitie, in zoverre ze onder het bereik van de wet vielen of de staatsveiligheid dat vereiste. Verdachte personen kon de agent binnen de Republiek "provisioneel en civiliter" laten arresteren en op machtiging van het Uitvoerend Bewind ondervragen. In verband met rust en veiligheid mocht hij wie dan ook door bevoegde instanties op vraag-artikelen laten horen. Weigeraars konden zonder proces worden gegijzeld. De agent moest zorgen dat alle openbare voorstanders van het stadhouderlijk bestuur, die in 1795 uitgeweken waren, van Bataafse grond geweerd bleven, evenals alle Franse émigré's en gedeporteerde priesters. De agent had tot taak de vrijheid van drukpers te handhaven, maar alle geschriften te weren die zonder opgave van uitgever, drukker of schrijver verschenen. Hij diende de verspreiding te beletten van geschriften die de gehele maatschappij beledigden of tegen de republikeinse orde van zaken waren gericht en daarvan kennis geven aan de Agent van Justitie. Bijeenkomsten in strijd met artikel 18 van de staatsregeling moesten worden verhinderd en bijeenkomsten waar iets werd beraamd tegen de maatschappelijke zekerheid en rust, worden verstoord. De agent handhaafde de vrijheid van elke burger om God te dienen naar eigen overtuiging, maar zorgde er voor dat alle godsdienstoefeningen binnen gebouwen met open deuren plaatsvonden en dat niemand met ordekleed of teken van zijn kerk buiten het gebouw zou komen. Ook mocht het belijden van enig kerkelijk leerstelsel niet tot burgerlijke voor- of nadelen leiden. Verder zag de agent er op toe dat niemand zich heerlijke rechten zou aanmatigen, dat elke burger die dat wilde een fabriek of trafiek kon oprichten, dat nationale feesten ordelijk verliepen en dat genootschappen of verzamelingen personen geen reglementen aannamen die strijdig waren met de staatsregeling. Ook armbestuur, wering van bedelarij en de inspectie van de gevangenissen behoorden tot de opdrachten van de agent.
Bij al deze taken kwam dus na 27 maart 1798 ook de zorg voor de landelijke waterstaat, inclusief de provinciale waterstaatswerken, met de bijbehorende uitvoerende diensten. In de uitgebreide instructie werd vanaf artikel 42 vastgelegd dat de agent toezicht had op de staat van onderhoud van dijken, wegen en wateren, of deze nu in handen waren van de natie of van contribuabele geërfden. De dijkcolleges moesten bij hem jaarlijks een begroting indienen. De agent diende inspectie te laten houden. In geval van doorbraak of overstroming had de agent, eventueel tegen verzet in, bevoegdheid dijken te sluiten en water te laten wegvloeien. Verder werd onder andere bepaald dat een commissie tot de waterstaat de agent zou bijstaan. Deze zou zestien leden tellen, of meer of minder naar gelang de werkzaamheden. De commissie moest de inspecteur-generaal, commissies en ambtenaren van de voormalige gewesten vervangen. Deze commissie tot de waterstaat is er echter niet gekomen.

De agent werd aangesteld door het Uitvoerend Bewind en legde daaraan verantwoording af. Zijn instructie ontving hij van het Vertegenwoordigend Lichaam. Het was de agenten verboden gezamenlijk een raad te vormen.

Tot de organisatie behoorde vanaf het begin een vaste secretaris, die evenals het overige personeel van de bureaus functioneerde op instructie en onder goedkeuring van het Uitvoerend Bewind. Uiteindelijk stelde dit bewind op 9 oktober 1800 no. 60 instructies vast voor de secretaris, de chefs de bureau, de commiezen-notularissen, de commies-expediteur, de chartermeester, de registermeester ofwel generale indexmaker, de commiezen, de klerken, de kamerbewaarders, de boden en de drossaard-civiel. De laatste moest zich op de hoogte stellen van alle gebeurtenissen in Den Haag die verband hielden met orde en politie. Ook diende hij inlichtingen in te winnen inzake mogelijk verdachte personen die daar aankwamen of vandaar vertrokken. Hij bracht daarover rapport uit aan de agent of aan diens secretaris. Hiertoe onderhield hij een netwerk van correspondenten. Personen konden door hem op last van de agent in bewaring worden genomen
De waterstaat kreeg een afzonderlijk bureau. Op basis van het op 24 mei 1798 vastgestelde plan voor het beheer van de waterstaat werd uitgegaan van 1) een president van het bureau tot de algemene waterstaat, 2) een chef van het bureau van de waterstaat, 3) een kaarttekenaar, 4) een amanuensis die bij een algemene vergadering van de leden van het bureau als secretaris kon optreden. Het was de bedoeling daarnaast een college van leden van de waterstaat op te richten waarin deskundigen zitting hadden. Ze zouden verdeeld worden over 1) een departement der rivieren, met mogelijk drie leden of meer of minder, 2) een departement der zeedijken met subdivisies, waarin leden zouden worden benoemd uit de voormalige gewesten (elk vier voor Friesland, Groningen en Zeeland, twee voor het Zuiderkwartier van Holland en twee voor het Noorderkwartier, en twee voor de eilanden, Overijssel en de Veluwe gezamenlijk). De algemene vergadering van alle leden van het bureau zou driemaal per jaar plaatsvinden. Maar vanwege het langdurige debat over de instructie en de bevoegdheden van de agent inzake de waterstaat kon deze dienst aanvankelijk nog niet in die richting uitgroeien. Er werden alleen in mei 1798 twee leden van de binnenlandse waterstaat benoemd.
De instructie werd pas op 15 februari 1800 door het Uitvoerend Bewind bekrachtigd. In deze lijn werd nu in juli 1800 als chef van het bureau van de waterstaat de eerste commissaris-inspecteur van de waterstaat aangesteld. Hij werkte onder verantwoordelijkheid van de agent. Naast hen kwamen vijftien commissarissen-inspecteurs die in vijf departementen een standplaats kregen, namelijk in1) Eems en Oude IJssel, 2) Rijn, 3) Amstel en Texel, 4) Delf en Dommel en 5) Schelde en Maas.

• Archief van de Rekestmeester, belast met de dienst van bruggen en wegen in de Hollandse Departementen, 1811-1813
• Archief van het Agentschap van Inwendige Politie
• Archief van het Agentschap van Inwendige Politie inzake de Waterstaat en van de chef de bureau van dijken, wegen en wateren
• Archief van het Departement van Binnenlandse Zaken, 1796-1813
• Archieven betreffende de Waterstaat 1798 - 1813
• Archieven van de inspecteurs van de Waterstaat, 1798-1849