Bij wet van 13 april 1807 en bij koninklijk decreet van 29 april 1807 werd een reglement op het bestuur in de Departementen ingevoerd en uitgewerkt. Daarbij bleef Brabant een afzonderlijk Departement. Op 29 april 1807 werden de hoofdplaatsen aangewezen en kwam een verdeling in kwartieren tot stand.

Aan het hoofd van het departement Brabant stond een Landdrost die verantwoording schuldig was aan de Ministers van Binnenlandse Zaken en van Politie en Justitie voor ieders beleidsterrein. Ook correspondeerde hij met de overige ministers. De Landdrost was onder andere belast met het oppertoezicht over de politie en met de uitvoering in zijn Departement van alle wetten en bevelen van de regering. Ook hield hij toezicht op de gemeenten. Hij werd bijgestaan door minimaal zes Assessoren die hij diende te raadplegen voordat hij voorgenomen reglementen aan de Koning ter kennis bracht en ze daarna vaststelde. Tevens vormden Landdrost en Assessoren samen een college dat de financiën in het departement beheerde, maar de Landdrost alleen voerde de besluiten uit. Indien bij besluitvorming de meerderheid en de Landdrost van mening verschilden, moest de Landdrost de zaak aan de Minister van Binnenlandse Zaken voorleggen of in dringende gevallen zelf beslissen.

In de kwartieren van het Departement waren kwartierdrosten werkzaam onder verantwoordelijkheid van de Landdrost. Zij hielden toezicht op de gemeenten binnen hun kwartier. De Landdrosten konden zelf een kwartier besturen.

Bij wet van 20 april 1809 werden de assessoren facultatief gesteld en vervangen door een Departementale Raad, maar tot invoering van deze verandering is het tijdens de regering van Lodewijk Napoleon niet meer gekomen.

Hoofdstad van het Departement Brabant was 's-Hertogenbosch. Het Departement telde drie kwartieren namelijk eerste kwartier Eindhoven, tweede kwartier 's-Hertogenbosch, waar de Landdrost tevens de taken van de kwartierdrost waarnam, en derde kwartier Breda. Het Departement Brabant kreeg zes assessoren.

Zowel de Landdrost als de Assessoren als de kwartierdrosten werden benoemd door de Koning. De Landdrost kon uit het gehele Koninkrijk afkomstig zijn, assessoren moesten zes jaar in het departement woonachtig zijn.

De Engelse invasie van Zeeland in 1809 en het daarop volgende Franse tegenoffensief bleven niet zonder gevolgen voor het zuidelijke deel van het Koninkrijk. Bij verdrag tussen Keizer Napoleon en Lodewijk Napoleon van 16 maart 1810, geratificeerd op 31 maart 1810, werden geheel Brabant, geheel Zeeland en Gelderland bezuiden de Waal, namelijk het Land van Maas en Waal met Nijmegen en de Bommelerwaard, alsmede het tot het departement Maasland behorende Land van Altena, aan het Keizerrijk overgedragen. Van Brabant werd het arrondissement Breda op 15 mei 1810 als sous-préfecture toegevoegd aan het Département des Deux-Nèthes. Het overige gebied werd op 14 mei 1810 een afzonderlijk Département Bouches-du-Rhin. Deze Departementen hebben evenmin als het in Zeeland gevormde nieuwe Département Bouches-de-l' Escaut, onderdeel uitgemaakt van het Gouvernement-Général de Hollande.

• Archief van de Gewestelijke en Departementale besturen van Brabant, 1795-1814.