Bij Wet van 13 april 1807 en bij koninklijk decreet van 29 april 1807 werd een reglement op het bestuur in de Departementen ingevoerd en uitgewerkt. Daarbij bleef Zeeland een afzonderlijk Departement. Op 29 april 1807 werden de hoofdplaatsen aangewezen en kwam een verdeling in kwartieren tot stand.

Aan het hoofd van het Departement Zeeland stond een Landdrost die verantwoording schuldig was aan de Ministers van Binnenlandse Zaken en van Politie en Justitie voor ieders beleidsterrein. Ook correspondeerde hij met de overige ministers. De Landdrost was onder andere belast met het oppertoezicht over de politie en met de uitvoering in zijn departement van alle wetten en bevelen van de regering. Ook hield hij toezicht op de gemeenten. Hij werd bijgestaan door minimaal zes assessoren die hij diende te raadplegen voordat hij voorgenomen reglementen aan de Koning ter kennis bracht en ze daarna vaststelde. Tevens vormden Landdrost en assessoren samen een college dat de financiën in het departement beheerde, maar de Landdrost alleen voerde de besluiten uit. Indien bij besluitvorming de meerderheid en de Landdrost van mening verschilden, moest de Landdrost de zaak aan de Minister van Binnenlandse Zaken voorleggen of in dringende gevallen zelf beslissen.

In de kwartieren van het Departement waren kwartierdrosten werkzaam onder verantwoordelijkheid van de Landdrost. Zij hielden toezicht op de gemeenten binnen hun kwartier. De Landdrosten konden zelf een kwartier besturen.

Bij wet van 20 april 1809 werden de assessoren en kwartierdrosten facultatief gesteld en vervangen door een Departementale Raad, maar tot invoering van deze verandering is het tijdens de regering van Lodewijk Napoleon niet meer gekomen.
.
Hoofdstad van het Departement Zeeland was Middelburg. Het departement telde twee kwartieren namelijk eerste kwartier Middelburg en tweede kwartier Zierikzee. In het kwartier Middelburg fungeerde de Landdrost als kwartierdrost. Het departement Zeeland kreeg zes assessoren.

Zowel de Landdrost als de Assessoren als de kwartierdrosten werden benoemd door de Koning. De Landdrost kon uit het gehele Koninkrijk afkomstig zijn, assessoren moesten zes jaar in het departement woonachtig zijn.

In 1809 vielen de Engelsen het departement Zeeland binnen. Landdrost en assessoren konden hierdoor hun functie niet meer uitoefenen. In september 1809 werd een nieuwe oplossing gevonden. Zie hiervoor onder Landdrost en Kwartierdrosten van Zeeland.

• Archieven van de Gewestelijke Besturen van Zeeland, 1799-1810