Het archief is niet opgesplitst in de verschillende instellingen uit de betreffende periode, maar doorlopend ingedeeld volgens soort archiefstuk. Om dit nadeel te ondervangen zijn de beschrijvingen in deze gids ruwweg verdeeld over de verschillende instellingen. Sectie E, tractaten, is niet opgesplitst. Deze bevat stukken betreffende verdragen en ratificaties.
Bij besluit van 8 november 1800 no. 18 kreeg de indexmaker opdracht nieuwe generale indices te maken op de registers van resolutiën van de gewezen commissie tot de Buitenlandse Zaken, op die van het vernietigd Uitvoerend Bewind op het Departement van Buitenlandse Betrekkingen en op de verbalen van de Agent tot. 31 december 1798.

• Agentschap van Buitenlandse Betrekkingen
• Departement van Buitenlandse Zaken (Provisioneel Uitvoerend Bewind)
• Ministerie van Buitenlandse Zaken
• Secretaris van Staat Departement van Buitenlandse Zaken
• Secretaris van Staat voor de Buitenlandse Betrekkingen