De Minister van Marine en Koloniën voerde het bestuur en het beheer over de zeestrijdkrachten, de scheepsbouw en de bevoorrading, alsook het bestuur en het beheer over de koloniën in Oost- en Westindië. Naast de Minister van Marine en Koloniën stonden twee adjuncten, de commissaris-generaal voor de marine en de commissaris-generaal voor de koloniën. Bij het Ministerie van Marine en Koloniën werd bij decreet van 1 augustus 1808 een Comité Centraal ingesteld, waarvan de maarschalken bij de marine qualitate qua lid waren.

Het gebied van de koloniën betrof ten eerste de eigendommen van de gewezen Oost-Indische Compagnie. In 1802, bij de vrede van Amiens, had de Republiek alle oude bezittingen teruggekregen, met uitzondering van Ceylon. In 1810 echter veroverde Engeland Ambon, Banda, Makassar en Menado, ten slotte ook Timor. Java capituleerde in september 1811. Kanton en Deshima bleven tot en met 1813 in Nederlands bezit omdat de berichten over de inlijving niet waren doorgedrongen en de Nederlandse bevelhebber de Engelsen onverrichter zake kon laten weggaan. Van de Westindische koloniën waren intussen alleen de Bovenwindse Eilanden en de Kust van Guinee overgebleven.

De aanvankelijke indeling van het Ministerie van Marine en koloniën was: 1) generaal secretariaat met a) eerste bureau registratie, zegel en leges, expeditie, classificeren van documenten en b) tweede bureau depêches, c) derde bureau archief, net-verbalen en indices (afzonderlijk voor de koloniën en voor de generale index) en d) vierde bureau justitiële zaken, krijgsgevangenen, kaapvaart; 2) eerste divisie financiën met a) eerste bureau liquidatie marine, toezicht, verdeling van fondsen, begrotingen, b) tweede bureau met i) eerste sectie algemene boekhouding, ii) tweede sectie liquidatie koloniën, toezicht, verdeling van fondsen, begrotingen, iii) derde sectie algemene boekhouding en revisie van de liquidaties koloniën, c) derde bureau liquidatie van schulden en d) vierde bureau ordonnanties en assignaties betreffende de publieke schatkist; 3) tweede divisie met a) eerste bureau militaire officieren ter zee, ingenieurs, militaire operaties, staat van de zeemacht, schepen, orders voor commandanten, b) tweede bureau werving, onderwijs, c) derde bureau hospitalen en quarantaine en d) vierde bureau loodswezen, bebakening; 4) derde divisie met a) eerste bureau soldijen, tractementen, reiskosten, b) tweede bureau levensmiddelen, c) derde bureau kleding en d) vierde bureau niet-militaire personeel; 5) vierde divisie met a) eerste bureau schepen, werven, zeevaartkunde, b) arsenalen en scheepsbehoeften, c) derde bureau maritime werken ter zee en in havens, gebouwen en d) vierde bureau geschut, wapens, munitie; 6) vijfde divisie met a) eerste bureau registratie van correspondentie met de koloniën en orders voor de troepen in de koloniën, b) tweede bureau soldijen, rantsoenen en reiskosten, c) derde bureau fortificaties en hospitalen en d) verzending van munitie en goederen naar de koloniën, opslag en uitgifte aldaar en controle van boeken en rekeningen; 7) zesde divisie met 1) eerste bureau traktementen van politieke ambtenaren, 2) tweede bureau correspondentie met de koloniën inzake bestuur en justitie, controle van boeken en rekeningen, betrekkingen met inlandse volken, landbouw en slavernij, 3) derde bureau correspondentie met agenten van het gouvernement en 4) civiele en financiële administratie en imposten in de koloniën; 8) zevende divisie met 1) eerste bureau bank- en kasgeld, wisselbrieven, registratie van uitgaven alles in zoverre de derde sectie van het tweede bureau van de eerste divisie daarmee nog niet is belast, 2) registers van correspondentie met de koloniën in verband met niet-militaire aanbestedingen en goederen, 3) derde bureau correspondentie met de koloniën inzake producten en de verkoop daarvan met i) eerste sectie boekhouders en ii) tweede sectie commiezen en 4) vierde bureau magazijnen van het ministerie; 9) ontvanger-generaal administratie van de ontvangsten en uitgaven, doen van betalingen en toezicht.

Vanaf 16 november 1808 was de organisatie als volgt: 1) generaal secretariaat met a) eerste bureau registratie, classificatie en expeditie, zegelrechten en kopieën, b) tweede bureau archieven, net-verbalen, generale index, c) derde bureau financiën van de marine en d) financiën van de koloniën; 2) eerste divisie personeel marine en militaire mouvementen met a) eerste bureau promoties, rangen en bewegingen van het koninklijk corps van de marine, militaire instituten van de marine, b) tweede bureau werving, krijgsgevangenen, geneeskunde en quarantaine, c) derde bureau loodswezen, pilotage, bebakening, seinen, deserteurs en kaapvaart; 3) tweede divisie met a) eerste bureau kleding en vivres, b) tweede bureau constructies, hout, masten, zeilen, werklieden en werven en c) derde bureau arsenalen, artillerie, scheepsbehoeften; 4) derde divisie administratie van de koloniën met a) eerste en tweede bureau voor civiele, politieke en justitiële zaken en financiële administratie, b) derde bureau werving en uitrusting van troepen voor de koloniën en c) vierde bureau civiele geëmployeerden, overlijdensregisters, testamenten; 5) vierde divisie handelsbetrekkingen met a) eerste bureau verkoop van koloniale producten en b) tweede bureau geld- en levensmiddelenvoorziening; 6) ontvanger-generaal van de koloniale inkomsten; 7) bureau van de achterstand van de marine.

Volgens besluiten van de Lieutenant-Général de Hollande van 22 december 1810 werd per 1 januari 1811 de secretaris-generaal opgedragen onder toezicht van de Préfet Maritime het archief van het voormalige ministerie te inventariseren en de stukken voor de financiële liquidatie te verzamelen.

• Archief van het Ministerie van koophandel en Koloniën 1806-1808 en van het Ministerie van Marine en Koloniën 1808-1810 (Westindische bezittingen en Guinee)
• Archief van het Ministerie van Marine en Koloniën, 14 januari 1808 - 29 september 1810 (Oostindische bezittingen en de Kaap)
• Archieven betreffende de Oostindische bezittingen en de Kaap, 1796-1813.
• Archieven betreffende de Westindische bezittingen en de kust van Guinea, 1795-1810.
• Archieven van het Departement van Marine 1795-1813
• Archieven van het Ministerie van Marine en Koloniën, 1808-1810 (Oost-Indische bezittingen en De Kaap)
• Collectie A.R. Falck
• Collectie van der Heim
• Comptabiliteit betreffende Oost-Indische Bezittingen, 1795-1813
• Inventaris van de scheepssoldijrollen (en enige andere registers betreffende de schepen en hun bemanningen) van Marineinstanties over de periode 1795-1813
• Klapper op de verzameling stamboeken marineofficieren en minderen 1795-1813 afkomstig uit het archief van het Ministerie van Marine
• Oost-Indische troepen, 1799-1807